Конкретика нужна, невозможно ничего посоветовать пока неизвестно о чем вы. Уязвимости разные бывают и устраняются по-разному.

Кстати мной был замечен один случай когда данная программа наврала. В более поздней базе, через неделю, ошибки уже не было. Так что имеет смысл покопать в источниках, действительно ли файл на который жалуется сканер уязвим. Или самостоятельно протестировать эксплоиты, для критических уязвимостей они как правило есть в открытом доступе. И уже исходя из характера эксплуатации можно попробовать придумать компенсирующие меры, даже если патча нет. Может быть уязвимость в вашем случае вообще проэксплуатировать невозможно.

В общем и целом, развертывание контроля версий на уровне всего софта организации является разумно достаточной мерой, "золотой серединой". Если оно у вас есть, теоретически (за исключением торчащих наружу сервисов) можно не кидаться на латание одной отдельно взятой уязвимости вручную, потому что все равно есть уязвимости, о которых вы не знаете. А для тех у кого в корпоративной сети не устанавливаются критические обновления на хотя бы ОС и основной софт (офис, браузеры, adobe всякие и тп), или используются неподдерживаемые версии (типа XP или офиса 2003) говорить о какой то защите информации кроме бюрократической вообще смешно.